祁門紅茶的制作工藝特別考究，分為初制、精制兩大過程。初制奠定品質的基礎，而精制則將相對粗糙的毛茶升華而成豐神俊秀的上品。初制四道工序，精制十幾道工序，近十個級別，幾十種花色，極盡繁復考究，每一個動作都是不厭其煩的重復、傾盡心血的工夫，為其他工夫紅茶所不能比擬，所以祁門紅茶又被稱為“祁門工夫紅茶”，更被譽為中國工夫紅茶的代表。
一、采摘
祁門紅茶的采摘是春夏兩季完成，最好的時間則是在4月5～15日，就是農歷清明后到谷雨之前。這個時候是春天里茶樹的第一批芽葉剛剛萌發出來，此時的芽頭是最鮮嫩也最漂亮的時候。
以前，祁門紅茶全部用來加工工夫紅茶，采摘標準以一芽二、三葉為主。近年開始制作紅毛峰、紅香螺等花香型紅茶，采摘日趨細嫩，早春茶采摘越來越多的一芽一葉，甚至是單芽。
二、萎凋
鮮葉在采摘后第一步會通過萎凋開始制作，萎凋是將摘下的鮮葉通過攤晾，使其葉片中的水分均勻地散失，將葉片萎蔫凋謝。
三、揉捻
在鮮葉經過萎凋之后，便要開始進行茶葉成形的第一步，揉捻。
通俗地說，揉捻就是把萎凋葉像揉面一樣搓揉，使其形成條狀的過程。揉的過程中，重要的是讓茶葉里的細胞破碎，讓茶葉里的茶多酚與空氣中氧氣接觸，發生酶促氧化，為下一步的發酵打下基礎，同時有利于紅茶香氣的形成。
四、發酵
如果說揉捻為祁門紅茶的品質打下了基礎，那么發酵可以說是形成祁紅品質的關鍵。
發酵是制作紅茶的關鍵步驟，也是紅茶變紅的決定性過程。經過揉捻的茶葉只有經過發酵后，綠色的茶葉才會逐漸轉化為紅色，形成紅茶特有的色、香、味。
五、烘干
初制最后的工序便是干燥了，通過高溫烘焙，一方面是終止酶活性，防止發酵過度；二是將茶葉中的水分烘至7%以下，利于茶葉的保存；三是豐富和發展香氣。
干燥時在高溫作用下，散發具有青草氣的低沸點香氣物質，同時糖類物質和氨基酸發生糖氨反應，生成具有蜜糖香氣的物質，內酯類、萜烯類、醇類等具有果香花香的香氣物質大量生成而形成祁門紅茶“似花似果似蜜”的香氣特點。
經過初制的祁門紅茶叫做紅毛茶，紅毛茶還需要經過精制才能成為商品茶。祁門紅茶是所有紅茶里最費工夫的，費工夫的重點就體現在精制的過程里，所以經過精制的祁門紅茶又被叫做“祁門工夫紅茶”。精制的目的是整飭形態、分別等級、剔除雜物、減除水分、發展香氣等，使茶葉達到外形漂亮、內質豐富。
祁門紅茶傳統手工的精制工序分別是初抖、分篩、打袋、毛抖、毛撩、凈抖、凈撩、挫腳、風選、飄篩、撼篩、手揀、拼配、補火、勻堆、裝箱等，一共有16道，其中的手工制作工序主要有篩分、打袋、風選、揀剔、補火和官堆等。
篩分：制好的毛茶先經過抖篩，初步分出茶葉大小。手工抖篩也叫吊篩，篩沿的一端用一根繩子系在高架上，另一端用手抖動篩子。抖篩的關鍵是靠手腕和腳踝用力，讓茶葉布滿篩面并均勻地抖動。抖篩之后要進行分篩，分篩是要分出多個號頭。分篩的時候手一定要端平，勻速地晃動，一旦傾斜就會走料，好茶就篩不出來了。
打袋：分篩之后要把篩上的大茶頭打小，這道工序叫“打袋”。把茶盛在布袋內，向石塊上摔打，要求茶師掌握好摔打的力度和次數，一般打三次，布袋左右兩側和正面各打一次，以免打過頭和單面受力，形成過多的碎末。打過再進行篩分，條索大的還要繼續摔打，逐次降級，直到不能做工夫茶為止。
風選：風選的目的是分出輕重，剔出輕質茶。手工傳統工藝中用木質風扇操作此過程，通過人工手搖風扇，進茶口的茶葉中身骨較重的茶葉從本身出口吹出，身骨較輕的茶葉從子口吹出，子口處的茶葉需要再進風扇中進行風選，多次反復，直至分選出不同規格標準的茶。
飄篩：飄篩用于彌補風選不足，剔出輕質黃片。
撼盤：制茶師有節奏的將撼盤中的茶葉飄起，輕的茶葉就被飄到撼盤外，從而彌補風選不足，剔出輕質茶。
揀剔：將篩分過的各號茶中的輕片、破葉、黃片、茶梗和雜物加以剔除，大都由女工手揀，用風車及其他器具輔助。
拼配：不同號頭的茶品質略有差異，將各號頭按一定比例拼合出符合規格的成品茶小樣，以保證祁門紅茶傳統正宗恒定的品質特點，這項工作只有最有經驗的老師傅才能完成。
補火：因篩分和揀剔時難免有潮氣侵入，故在裝箱前還得補火一次。補火是將篩揀好的茶放置烘籠上，籠下用炭火烘焙。補火十分講究對火候的掌握，除了進一步散去水分，以便于儲存外，補火也會起到發展茶葉香氣，改善品質的作用。
官堆：又稱“勻堆”。將補火后的各號茶，分層倒入官堆場中，做成方形高堆，用木齒耙向外梳耙，使茶葉混合流下，即為小堆，再按上述方法進行大堆，使各號茶混合均勻，即可裝箱成為精制紅茶。
