早期中國大陸與臺灣地區農藥濫用的情形，在國際上被列為同一級。1970年代至1980年代初期間，為提升產能，在精制茶廠附近產茶區有噴灑農藥與施用化肥情形。但隨著對食品安全意識的提升加上成本問題，1980年代中期開始就已無農藥殘留問題，對日本與法國等歐盟檢驗標準嚴格的國家，銷售量也能每年穩定成長中，農藥殘留的問題對普洱茶而言并不容易發生。
2004年8月初，中國農業科學院茶葉研究所公布10個中國主要產茶省份茶葉抽檢結果，云南省茶葉殘留量最低;據了解，有農藥殘留的樣本為高成本高利潤的紅茶與綠茶類。
除官方說明的原因，如生態良好、茶樹原生地受保護等等，所以不施化肥農藥外，深入了解分析后發現還有幾個主要原因：
當地茶區多處山區交通不便，農藥化肥難以送達。
云南茶區面積十分廣闊，產量遠多于目前的需要量，不需藉灑藥增加產能。
許多茶農與采茶人、茶販為少數民族，經濟能力不佳，當地普洱茶青毛茶收購價格相當低廉，茶園多釆粗耕野放，灑農藥化肥不符合經濟成本。
古樹茶、野生型茶樹高大，無法以正常方式灑藥，且大茶樹灑農藥、化肥容易死亡。
早年云南許多曬青茶箐來源多屬于野放茶，為茶園經栽種過后少有人工管理，不灑人工化肥與農藥，只稍做鋤草與翻土整理，現代稱之為“生態茶”。
